De bovenbouw loopt van leerjaar 3 tot en met leerjaar 6.

Het derde leerjaar kan gezien worden als een schakeljaar. In dit jaar maakt de leerling een uiteindelijke keuze voor een sector. De leerling wordt geholpen bij het maken van deze keuze en er wordt nadrukkelijk gekeken naar wat een leerling kan. De leerling maakt verder volop kennis met de beroepspraktijk door middel van interne stages.

In leerjaar 4, 5 en 6 worden de leerlingen klaargestoomd voor de arbeidsmarkt. Leerlingen hebben gekozen voor één van de vier sectoren: Groen, Techniek, Economie en Zorg & Welzijn. Alle leerlingen lopen stage bij een bedrijf of instelling, in eerste instantie binnen de sector, om vervolgens een specifieke branche te kiezen waarbinnen ze hun schoolloopbaan voltooien. Zij zijn vaak één of twee dagen op stage. De overige dagen hebben zij praktijk- en theorielessen op school. Doordat elke sector bestaat uit een team van docenten zijn de theoriedocenten goed op de hoogte van hetgeen zich bij de praktijkvakken afspeelt en zijn de praktijkdocenten goed op de hoogte van hetgeen zich bij de stage afspeelt. Op deze wijze is gewaarborgd dat leerstof en vaardigheden daar waar mogelijk zoveel mogelijk op elkaar aansluiten.

Door de keuzes die de leerlingen maken, wordt het onderwijsprogramma steeds individueler. Leerlingen werken zelfstandiger en op hun eigen niveau. Om toch structuur en veiligheid te bieden binnen een vertrouwde leeromgeving zijn de leerlingen toegewezen aan een stamgroep. Op een stamgroep zitten een mentor en een co-mentor. Zij zijn het eerste aanspreekpunt voor de leerlingen.